イントラレーシックと、一般的なレーシックの大きな違いは、角膜に作るフタ「フラップ」の作成方法にあります。通常のレーシックの場合、電動カンナのような装置でフラップを作成します。一方、イントラレーシックでは、コンピュータ制御によってフラップを精密に作成します。これによって、一段と安全で正確にフラップを作成することが可能になるのです。
通常のレーシックの場合は、カンナ部分の往復運動が原因で、フラップの断面に、若干でこぼこが生じたり、ヒンジといって、フラップのつなぎ目の部分が斜めになることがあり、まれにシワが生じることがあります。
一方、イントラレーシックの場合は、コンピュータ制御によってフラップを作成するので、断面もヒンジの部分も非常に精巧な仕上がりになります。
これによって、イントラレーシックのほうが、角膜実質層を削りとれる量が増えます。そのため、通常のレーシックよりも強度の近視を矯正することができます。
ただし、層間角膜炎（DLK）が発生したり、フラップの作成や接着に時間がかかる、といった欠点もあります。